Quando se fala em ecossistemas e biomas, tratamos de conjuntos. Embora distintos nos seus elementos e abrangência, podem se sobrepor, interceder e se completar.
Ecossistema
É um conjunto formado pelas interações entre componentes bióticos, como os organismos vivos: plantas, animais e micróbios, e os componentes abióticos, elementos químicos e físicos, como o ar, a água, o solo e minerais. Estes componentes interagem através das transferências de energia dos organismos vivos entre si e entre estes e os demais elementos de seu ambiente. Como são definidos pela rede de interações entre organismos, e entre os organismos e seu ambiente, ecossistemas podem ter qualquer tamanho. Como é difícil determinar os limites de um ecossistema, convenciona-se adotar distinções para a compreensão e possibilidade de investigação científica. Assim, temos, inicialmente, uma separação entre os meios aquáticos e terrestres. Então, ecossistemas aquáticos serão os lagos, naturais ou artificiais (represas), os mangues, os rios, mares e oceanos. Os ecossistemas terrestres serão as florestas, as dunas, os desertos, as tundras, as montanhas, as pradarias e pastagens.
Bioma
É o "conjunto de vida (vegetal e animal) definida pelo agrupamento de tipos de vegetação contíguos e identificáveis em escala regional, com condições geoclimáticas similares e história compartilhada de mudanças, resultando em uma diversidade biológica própria". Em outras palavras, ele pode ser definido como uma grande área de vida formada por um complexo de ecossistemas com características homogêneas.
Muitas vezes, o termo "bioma" é utilizado como sinônimo de "ecossistema" mas, diferente do ecossistema, à classificação de bioma interessa mais o meio físico (a fisionomia da área, principalmente da vegetação) que as interações que nele ocorrem. O perfil do local e a dimensão também importam na classificação: um ecossistema qualquer só será considerado um bioma se suas dimensões forem de grande escala.
Por exemplo, existe o bioma da Mata Atlântica e, dentro dele, ecossistemas como a floresta ombrófila densa, a mata de araucária, os campos de altitude, a restinga e os manguezais.
Um bioma é definido por um tipo principal de vegetação (embora num mesmo bioma possam existir diversos tipos de vegetação) e também de animais típicos, embora estes não influam tanto na definição. Os biomas brasileiros são a Amazônia, o Cerrado, Caatinga, Mata Atlântica, o Pampa e o Pantanal.
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